Сериал «Внутреннее расследование» разворачивается вокруг Рустема Зайнулина, начальника отдела по тяжким преступлениям, которого в одночасье из следователя превращают в главного подозреваемого. Его обвиняют в убийстве собственного агента, работавшего под прикрытием. Последняя информация от погибшего указывала на местонахождение опасного преступника, но вместо задержания Рустем сам оказывается в наручниках, арестованный коллегами из службы безопасности.

Дело поручают полковнику Щуке, человеку, который уже мысленно распрощался со службой. Его возвращение из отпуска похоже на наказание — мир изменился, а его принципы кажутся многим пережитком. Тем не менее, именно его назначают на ключевой пост, чтобы разобраться в этом грязном клубке. Щуке предстоит понять, стал ли Зайнулин жертвой чьего-то расчёта или в его вине нет сомнений.

Расследование быстро выходит за рамки простого уголовного дела, превращаясь в проверку на прочность всей системы. Каждый шаг полковника натыкается на стену молчания или откровенное противодействие. Вопрос уже не только в том, кто убил оперативника, а в том, можно ли в этой машине власти остаться человеком и докопаться до истины, когда правда никому не выгодна.